De verzameling gedrukte werken van vóór 1800 is zeer omvangrijk, en bevat onder meer incunabelen, Nederlandse postincunabelen en pamfletten. Daartoe behoren ook de oude drukken uit de Bibliotheca Rosenthaliana en de Kerkelijke Collecties, en die uit de Artis Bibliotheek.
Een belangrijk bruikleen is de collectie van de Koninklijke Nederlandsche Maatschappij tot Bevordering der Geneeskunst (KNMG).
Oude drukken kunnen geraadpleegd worden in de Onderzoekzaal, waar tevens een uitgebreide handbibliotheek staat. De Artis Bibliotheek is in een afzonderlijk gebouw gehuisvest.